ลำไส้มีบทบาทสำคัญในการปกป้องร่างกายจากเชื้อโรค มากกว่าครึ่งหนึ่งของเซลล์ทั้งหมดของร่างกายที่ผลิตแอนติบอดีนั้นพบได้ที่ผนังลำไส้ โดยเฉพาะในส่วนสุดท้ายของลำไส้เล็กและในภาคผนวก น้ำเหลือง เซลล์เหล่านี้ตรวจจับสิ่งแปลกปลอม จากนั้นทำเครื่องหมายและทำลายสิ่งเหล่านั้น พวกเขายังบันทึกข้อมูลเกี่ยวกับสารเพื่อให้สามารถตอบสนองได้เร็วขึ้นในครั้งต่อไป ลำไส้ใหญ่ยังมีแบคทีเรีย ที่ไม่เป็นอันตราย ที่เรียกว่าระบบทางเดินอาหารหรือลำไส้ ลำไส้ที่แข็งแรงทำให้เชื้อโรคแพร่กระจายและเข้าสู่ร่างกายได้ยาก