ปัญหาความเป็นเจ้าของ การบริหาร และการลดลงของลีกที่ไม่ใช่ ทีมมาดริด  คาถาของ Luton ในการแข่งขันชิงแชมป์จะคงอยู่เพียงสองฤดูกาล พวกเขาตกชั้นกลับสู่ลีกวันในปี 2550 และตกชั้นสู่ลีกทูในอีกหนึ่งปีต่อมา เมื่อพวกเขาถูกหัก 10 คะแนนสำหรับการเข้าสู่การบริหารในเวลาเดียวกัน สโมสรเริ่มฤดูกาล 2008/09 League Two ด้วยคะแนน -30 หลังจากถูกลงโทษโดย EFL และ FA เนื่องจากความผิดทางการเงินที่กระทำโดยเจ้าของคนก่อน พวกเขาต่อสู้อย่างกล้าหาญและเก็บแต้มได้มากพอเพื่อรักษาตำแหน่งที่ควรจะเพียงพอสำหรับการจบอันดับกลางตาราง แต่สุดท้ายพวกเขาจบอันดับสุดท้ายและตกรอบจากลีกเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์