จำนวนที่เหมาะสมของหน่วยการก่อตัวเป็นโคโลนี (CFUs) สำหรับแบคทีเรียแต่ละสายพันธุ์ที่ส่งมานั้นยังไม่ทราบ ปริมาณในการทดลองในมนุษย์ขึ้นอยู่กับปริมาณที่ใช้ในการศึกษาในสัตว์ แม้ว่าพื้นที่ผิวของลำไส้จะมีความแตกต่างกันก็ตาม โดยทั่วไปยังขาดการศึกษาการตอบสนองต่อ ไบโอติกส์ ขนาดยา สูตรโปรไบโอติกที่มีจำหน่ายทั่วไปมักมีอย่างน้อย 10 6  CFUs แต่อาจมีช่วงสูงถึง 10 12  CFUs มีการศึกษาน้อยมากที่บันทึกการรอดชีวิตของโปรไบโอติกที่ได้รับการบริหารเมื่อผ่านลำไส้ โปรไบโอติกอาจสร้างผลกระทบกับแบคทีเรียที่มีชีวิตและแบคทีเรียที่ไม่มีชีวิต ซึ่งบ่งชี้ว่าปัจจัยการเผาผลาญหรือสารคัดหลั่ง หรือส่วนประกอบของโครงสร้างหรือเซลล์อาจเป็นสื่อกลางกิจกรรมการปรับภูมิคุ้มกันของพวกมันโดยการศึกษาการกู้คืนอุจจาระ โปรไบโอติกหนึ่งชนิดอาจไม่จำเป็นต้องแปลเป็นโปรไบโอติกอื่นๆ ตัวอย่างเช่น บิฟิโดแบคทีเรียมแต่ละสายพันธุ์มีความทนทานต่อกรดและความต้องการในการเจริญเติบโตต่างกัน และจะมีอัตราการกู้คืนอุจจาระที่แตกต่างกันวิธีการนำส่ง เช่น โยเกิร์ตกับนม อาจมีผลกระทบต่อความมีชีวิตและจำนวนโคโลนีของแบคทีเรีย นอกจากนี้ B. longumสายพันธุ์เดียวเท่านั้นที่สามารถอยู่รอดได้ในนมหมักเป็นเวลา 2 สัปดาห์