วิวัฒนาการและต้นกำเนิดของปลาปักเป้ายังไม่เป็นที่เข้าใจกันดีนัก ปลาปักเป้าหรือที่รู้จักกันในชื่อปลาปักเป้าเป็นกลุ่มปลาที่ขึ้นชื่อในด้านความสามารถเฉพาะตัวในการพองตัวให้มีรูปร่างคล้ายทรงกลมเพื่อใช้เป็นกลไกในการป้องกัน ปลากลุ่มนี้พบได้ในภูมิภาคต่างๆ ทั่วโลก รวมถึงชายฝั่งของญี่ปุ่น แอฟริกา และอเมริกา ฟอสซิลปลาปักเป้าที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จักมีอายุย้อนกลับไปในยุค  Eocene ประมาณ 56 ถึง 33 ล้านปีก่อน ฟอสซิลโบราณเหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าปลาปักเป้ามีอยู่ในรูปแบบปัจจุบันมาเป็นเวลานาน  ความรู้ทั่วไปเรื่องปลาปักเป้า   และมีแนวโน้มว่าจะไม่มีการวิวัฒนาการเพียงเล็กน้อยในช่วงเวลานี้ ปลาปักเป้าอยู่ในวงศ์ Tetraodontidae ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของอันดับ Tetraodontiformes ลำดับของปลานี้มีลักษณะพิเศษคือมีฟันขนาดใหญ่สี่ซี่ที่หลอมรวมกันซึ่งมีโครงสร้างคล้ายจะงอยปาก และเชื่อกันว่ามีวิวัฒนาการมาจากปลากระดูกโบราณที่อาศัยอยู่ในมหาสมุทรเมื่อหลายล้านปีก่อน