นอกจากปริมาณน้ำประปาแล้ว คุณภาพน้ำก็มีความสำคัญเช่นกัน แม้แต่คนโบราณก็ยังเห็นคุณค่าของความบริสุทธิ์ของน้ำ งานเขียนภาษาสันสกฤตตั้งแต่ปี 2000 ก่อนคริสตศักราชบอกวิธีทำให้น้ำเน่าเสียบริสุทธิ์โดยการต้มและกรอง แต่จนถึงกลางศตวรรษที่ 19 ได้มีการพิสูจน์ความเชื่อมโยงโดยตรงระหว่างน้ำเน่าเสียกับโรค (อหิวาตกโรค) และจนกระทั่งสิ้นศตวรรษเดียวกันนั้น Robert Koch นักแบคทีเรียวิทยาชาวเยอรมันได้พิสูจน์ทฤษฎีเชื้อโรคของโรค สร้างพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์สำหรับการบำบัดและสุขอนามัยของน้ำดื่มการบำบัดน้ำ น้ำ คือ การเปลี่ยนแปลงแหล่งน้ำเพื่อให้ได้คุณภาพตามเป้าหมายที่กำหนด ในตอนท้ายของศตวรรษที่ 19 และต้นศตวรรษที่ 20 เป้าหมายหลักคือการกำจัดโรคติดต่อทางน้ำถึงตาย การบำบัดน้ำดื่มสาธารณะเพื่อกำจัดเชื้อจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคหรือก่อโรคเริ่มขึ้นในช่วงเวลานั้น วิธีการบำบัดรวมถึงการกรองด้วยทรายและการใช้คลอรีนในการฆ่าเชื้อโรค การกำจัดโรคเสมือนจริง เช่น อหิวาตกโรคและไทฟอยด์ในประเทศที่พัฒนาแล้วได้พิสูจน์ให้เห็นถึงความสำเร็จของเทคโนโลยีการบำบัดน้ำนี้ ในประเทศกำลังพัฒนา โรคติดต่อทางน้ำยังคงเป็นปัญหาหลักเกี่ยวกับคุณภาพน้ำ