แม้ว่าเซลล์แบคทีเรียจะมีขนาดเล็กกว่าและมีโครงสร้างง่ายกว่าเซลล์ยูคาริโอตมาก แต่แบคทีเรียก็เป็นกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่มีความหลากหลายมาก ซึ่งมีขนาด รูปร่าง ที่อยู่อาศัย และเมแทบอลิซึมต่างกัน ความรู้ส่วนใหญ่เกี่ยวกับแบคทีเรียมาจากการศึกษาเกี่ยวกับแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดโรค แบคทีเรีย ซึ่งแยกได้ง่ายกว่าในวัฒนธรรมบริสุทธิ์และตรวจสอบได้ง่ายกว่าแบคทีเรียหลายสายพันธุ์ที่มีชีวิตอิสระ ต้องสังเกตว่าแบคทีเรียที่มีชีวิตอิสระจำนวนมากค่อนข้างแตกต่างจากแบคทีเรียที่ปรับตัวให้ดำรงชีวิตเป็นปรสิตหรือสัญลักษณ์ของสัตว์ ดังนั้นจึงไม่มีกฎตายตัวเกี่ยวกับองค์ประกอบหรือโครงสร้างของแบคทีเรีย และมีข้อยกเว้นมากมายสำหรับข้อความทั่วไปใดๆ