เภสัชภัณฑ์โดยทั่วไปจำแนกตามกลุ่มสารเคมี โดยวิธีการทำงานในร่างกาย (ฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา) และตามการใช้รักษาโรค อัลคาลอยด์เป็นเภสัชภัณฑ์บริสุทธิ์ตัวแรกที่ได้มาจากสารธรรมชาติ (พืช); ได้แก่ ควินิน นิโคติน โคเคน อะโทรปีน และมอร์ฟีน ยาที่มาจากสัตว์ ได้แก่ สารสกัดจากต่อมที่มีฮอร์โมน เช่น อินซูลินสำหรับใช้รักษาโรคเบาหวานยาปฏิชีวนะ วัคซีน ชิ้นส่วนเลือด-พลาสมาของมนุษย์ และฮอร์โมนสเตียรอยด์เป็นเวชภัณฑ์สำคัญอื่นๆ ที่ผลิตจากสารธรรมชาติ วิตามินซึ่งเดิมได้รับจากแหล่งธรรมชาติ ยาแอสไพริน ปัจจุบันมักผลิตในห้องปฏิบัติการในการเตรียมโดส เภสัชภัณฑ์จำนวนมากมีระดับความละเอียดที่แตกต่างกันไป สารทางยาจำนวนมากถูกเติมลงในน้ำ แอลกอฮอล์ หรือตัวทำละลายอื่นๆ เพื่อให้สามารถใช้ในรูปของสารละลายได้ สิ่งเหล่านี้อาจรวมถึงสุรา ยาอายุวัฒนะ และทิงเจอร์ ยาขี้ผึ้งเป็นหนึ่งในสารเตรียมกึ่งแข็งหลายชนิด ซึ่งรวมถึงครีม เพสต์ และเยลลี่ด้วย เภสัชภัณฑ์ที่เป็นของแข็ง ได้แก่ ยาเม็ด ยาเม็ด ยาอม และยาเหน็บ ในรูปแบบนี้ สารประกอบจะเสถียรมากกว่า โดยมีความเสี่ยงน้อยกว่าในการเกิดปฏิกิริยาเคมี และกำหนดขนาดยาได้ง่ายกว่า การจัดเก็บและบรรจุภัณฑ์ทำได้ง่ายขึ้น และรูปแบบที่เป็นของแข็งจะมีประสิทธิภาพในการผลิตมากขึ้น