ปฏิกิริยาประเภท II เกิดขึ้นเมื่อแอนติบอดีทำปฏิกิริยากับแอนติเจนที่พบในเซลล์ "เป้าหมาย" บางชนิด แอนติเจนอาจเป็นส่วนประกอบตามธรรมชาติของเซลล์ที่แข็งแรง หรืออาจเป็นส่วนประกอบภายนอกที่เกิดจากยาหรือจุลินทรีย์ที่ติดเชื้อ สารเชิงซ้อนแอนติเจน-แอนติบอดีที่เป็นผลลัพธ์จะกระตุ้นระบบคอมพลีเมนต์ โรคภูมิแพ้ ซึ่งเป็นชุดของเอนไซม์ที่มีศักยภาพที่ทำลายเซลล์เป้าหมายปฏิกิริยาประเภทที่ 3 เกิดขึ้นเมื่อบุคคลที่มีความไวสูงต่อแอนติเจนหนึ่งๆ สัมผัสกับแอนติเจนนั้นในเวลาต่อมา ในปฏิกิริยาประเภท III สารเชิงซ้อนแอนติเจน-แอนติบอดีจะสะสมอยู่ตามผนังหลอดเลือดขนาดเล็ก จากนั้นคอมเพล็กซ์จะกระตุ้นระบบส่วนประกอบซึ่งก่อให้เกิดการอักเสบและความเสียหายของหลอดเลือด ซึ่งแตกต่างจากปฏิกิริยาประเภท I ปฏิกิริยาประเภท II และประเภท III ไม่ได้ขึ้นอยู่กับความบกพร่องทางพันธุกรรม การหลีกเลี่ยงสารก่อภูมิแพ้ที่ทราบคือการป้องกันปฏิกิริยาดังกล่าวที่ดีที่สุด